Учреждение дошкольного образования функционирует с ноября 1982 года.
Первым руководителем была Шамшурко Нина Васильевна.
В марте 1991 года заведующим была назначена Шубина Людмила Иосифовна.
Людмила Иосифовна была творческим современным руководителем. Она участвовала в конкурсе «Руководитель ХХI века», заняла 1 место в Центральном районе г. Могилева и 3-е место в городе Могилеве.
2001-2003 году ясли — сад являлся Республиканской экспериментальной площадкой по внедрению программы «Школа-2100».
В 2002 году ясли — сад занял первое место за высокие показатели в развитии образования.
С 01.09.2009 года учреждением дошкольного образования руководит Бондарева Светлана Владимировна.
В 2023 году воспитанница государственного учреждения образования «Детский сад № 99 г.Могилева» Агата Корнеева стала лауреатом I степени IV городского фестиваля-конкурса для детей дошкольного возраста «Золотой львенок» в номинации «Художественное слово».
В 2023 году Семёнова Лика, воспитанница старшей группы №1, стала победителем городского конкурса поисковых, творческих и исследовательских работ детей (4 – 10 лет) «На виду у всех».
В 2023/2024 учебном году воспитанница старшей группы №2 Алексейкова Дарья стала победителем городского этапа республиканского конкурса проектов учреждений образования по экономии и бережливости «Энергомарафон». Дарья совместно с учителем-дефектологом Ломаченко Жанной Петровной представила на конкурс листовку «Кирпичики экономии»
В 2024 году воспитанница государственного учреждения образования «Детский сад № 99 г.Могилева» Агата Корнеева стала лауреатом II степени V городского фестиваля-конкурса для детей дошкольного возраста «Золотой львенок» в номинации «Художественное слово».
Михайлова Наталья Олеговна является автором 5 репертуарных сборников для музыкальных руководителей учреждений дошкольного образования.
В 2024 году в профессиональный праздник День учителя педагогические работники государственного учреждения образования «Детский сад № 99 г.Могилева» за добросовестный труд и достигнутые успехи в обучении и воспитании подрастающего поколения награждены грамотой и благодарственным письмом. Заведующий Бондарева Светлана Владимировна – Грамотой Министерства образования Республики Беларусь. Музыкальный руководитель Михайлова Наталья Олеговна – Благодарственным письмом Могилевского городского Совета депутатов. http://sd99-mog.by/2024/10/07/день-учителя/
В 2024 году коллектив воспитанников награжден дипломом I степени в номинации «Геймификация в энергосбережении». Подноминация «Дидактическая игра» и дипломом II степени в номинации «Культурно-зрелищное мероприятие по пропаганде эффективного и рационального использования энергоресурсов» в городском этапе республиканского конкурса проектов учреждений образования по экономии и бережливости «Энергомарафон».
В 2024 году коллектив педагогических работников награжден дипломом за высокий уровень конкурсной работы в номинации «Дидактическая игра» городского этапа фестиваля «Безопасное детство»
